日本とマルタの関係（にほんとマルタのかんけい、英語: Japan–Malta relations）では、日本とマルタの間における国際関係を指す。両国の外交関係は、1965年に樹立された。 2020年9月28日より、マルタは東京に大使館を設置している。日本は、ローマにあるの一部として非常駐のを設置しており、バレッタに名誉領事館を設置している。
