形態音韻論(けいたいおんいんろん、英語: morphophonology)または形態音素論(けいたいおんそろん、英語: morphophonemics)は、言語学の一分野で、形態変化に伴う音韻の交替を扱う。形態論と音韻論の境界的な分野である。