マニラ・メトロレール・トランジット・システム(英語: Manila Metro Rail Transit System、通称:マニラMRT)はフィリピンのマニラ首都圏で運営されているラピッド・トランジット。フィリピン運輸省によって運営されている。現在はMRT3号線のみ営業している。同じくマニラ首都圏を走るLRT1号線とLRT2号線はマニラ・ライトレール・トランジット・システム(マニラLRT)である。