(en) の水路系は世界でも有数の入り組んだ自然港を形成している。この港周辺の地形は多様性に富んでいるため、関連する地名も多様にある。大まかな地形はジョバンニ・ダ・ヴェラッツァーノが1524年にヨーロッパ人として初めてこの水域にたどり着いたときからほとんど変わってはいないが、手つかずの自然はもはや残されていない。 (en) やエリス島などのエリアはほとんどが人工的な改変が加えられている。目に見えない大きな改変としては航行用の水路は自然の17フィート (5.2 m)の深さを45フィート (14 m)に拡張し、基盤岩を爆破しなければならない箇所もあった。 この港湾は三つの主要水系が合流する地点に横たわっている。この港湾の南東は (en) （大西洋）に、北東はロングアイランド湾に開いている。これらの両方は基本的に潮汐と塩水を備えた海洋の一部であるが、ロングアイランド湾は河口なので大西洋と比べて約20-30%塩分が少なく、潮汐は3時間遅く最大70%大きく変動する。ハドソン川はより淡水に近く、北からの潮の流れはないが、潮汐と汽水域はハドソン川まで広がっている。
