ニューヨーク市地下鉄S系統(ニューヨークしちかてつSけいとう、系統)はニューヨーク市地下鉄の運行系統の一つ。カラーはダーク・スレート・グレー。公式には3つの系統(うち2つは常時運行、1つは深夜運休)がS系統とされており、さらに4つの系統が深夜のみシャトルとして運行しているが、深夜のみ運行するシャトルにはS系統の系統記号が用いられない。