コモロ連合は事実上、アンジュアン島、グランドコモロ島、モヘリ島の3島により構成されており、それぞれの島に自治政府がある。 2001年制定の連合憲法下では、連合を構成する3島には独自の自治政府と大統領が置かれ、それぞれが大幅な自治権を持っていた。しかし2009年の連合憲法改正に伴い、各島の自治権は縮小され、自治政府の大統領は知事へと改称された。 なお、コモロ政府はマヨットを自国の領土だと主張しているが、事実上フランスの海外領土である。
