1999年のスーパーバイク世界選手権(1999ねんのスーパーバイクせかいせんしゅけん)は、スーパーバイク世界選手権の12回目のシーズン。3月28日のキャラミで開幕し、10月10日のスポーツランドSUGOまで全13戦でタイトルが争われた。 カール・フォガティが自身4度目のタイトルを獲得し、マニファクチャラーズ・タイトルはドゥカティが獲得した。