1999年のスーパースポーツ世界選手権は、F.I.M.が主催するスーパースポーツ世界選手権の初のシーズン。1997年からスーパースポーツワールドシリーズとして開催されていたが、この年からF.I.M.公認の世界選手権となった。 シーズンは3月28日のキャラミで開幕し、9月12日のホッケンハイムリンクまで全11戦でタイトルが争われた。タイトルを獲得、マニファクチャラーズタイトルはヤマハが獲得した。
