便微生物移植（べんびせいぶついしょく、英語: Fecal microbiota transplant;FMT）は、健康な人の腸内細菌を対象患者の消化管に移植することにより、治療効果を得る目的で研究されている移植術。腸内細菌療法やふん便微生物移植、あるいはふん便薬(poop pill)ともと呼ばれる。確実なエビデンスが確立しているのは、クロストリジウム・ディフィシル腸炎だけであるが、消化管疾患（潰瘍性大腸炎、クローン病など）のほか神経難病や冠動脈疾患に対しても研究が進められている。欧米を中心に研究されてきた。2017年現在日本では保険治療としては認められていない。
