核融合科学研究所（かくゆうごうかがくけんきゅうじょ、英語: National Institute for Fusion Science）は、大学共同利用機関法人自然科学研究機構を構成する研究所の一つ。 核融合科学分野における国立の研究所で、岐阜県土岐市にある。大学共同利用機関として各地の大学から研究施設の共同利用が行われている。総合研究大学院大学をはじめとする様々な大学院の学生に対する教育も実施している。 1989年（平成元年）に、名古屋大学プラズマ研究所を改組、京都大学ヘリオトロン核融合研究センターおよび広島大学核融合理論研究センターの一部を統合することにより設立された。プラズマくんをマスコットとしていたが、2017年（平成29年）より猫とトーラスプラズマをモチーフとした「ヘリカ」を新たなマスコットとした。
