日本学術会議会員の任命問題（にほんがくじゅつかいぎかいいんのにんめいもんだい）とは、2020年（令和2年）9月、内閣総理大臣の菅義偉が、日本学術会議が推薦した会員候補のうち一部を任命しなかった問題である。現行の任命制度になった2004年（平成16年）以降、日本学術会議が推薦した候補を政府が任命しなかったのは初めてのことである。
