駐日エストニア大使館(エストニア語: Eesti suursaatkond Jaapanis、英語: Embassy of Estonia in Japan)は、エストニアが日本の首都東京に設置している大使館である。在東京エストニア大使館(エストニア語: Eesti suursaatkond Tōkyōs、英語: Embassy of Estonia in Tokyo)とも。 1991年9月6日、日本がエストニアの独立を承認。1991年10月10日に両国間の外交関係が樹立され、1996年9月に大使館が開設された。