遺伝子マーカー(いでんしマーカー)とは、生物個体の遺伝的性質(遺伝型)、もしくは系統(個人の特定、親子・親族関係、血統あるいは品種など)の目印となる、つまりある性質をもつ個体に特有の、DNA配列をいう。