第39回日米大学野球選手権大会(だい39かいにちべいだいがくやきゅうせんしゅけんたいかい)は、2013年に日本で開催された日米大学野球選手権大会である。日本が2大会ぶり17回目の優勝を果たした。なお、明治神宮野球場で行われた第5戦は荒れた試合模様となり、審判から両軍の監督に対し警告試合が宣告されている。