本願寺岐阜別院（ほんがんじぎふべついん）は、岐阜県岐阜市にある浄土真宗本願寺派（西本願寺）の寺院（別院）である。開基は准如上人。 岐阜市には、東西両別院がある。真宗大谷派（東本願寺）の別院は、真宗大谷派岐阜別院。
