昌明寺遺跡(しょうみょうじいせき)は、宮崎県えびの市大字昌明寺に所在する、古代から中世にかけての集落を中心とする複合遺跡。1997年(平成9年)から1999年(平成11年)にかけて、3次に渡る発掘調査が行われた。なお同遺跡は、地名の由来でもあり、文献上で1426年(応永33年)頃から1868年(明治元年)にかけて同地に存在したことが確認される、曹洞宗廃寺の昌明寺の寺域を包括する。