新潟大学脳研究所（にいがただいがくのうけんきゅうじょ）は、新潟大学に設置されている研究所（共同利用・共同研究拠点）である。 国立大学附置研究所では唯一、脳を研究対象にした施設である。基礎研究のみならず、神経病理、神経内科、脳神経外科の臨床分野も有する特色的な研究所である。3基幹部門（8講座）と、2附属センター（統合脳機能研究センター・生命科学リソース研究センター）からなる。神経内科学分野と脳神経外科学分野は、新潟大学医歯学総合病院に診療科を開設している。初代所長は中田瑞穂教授。
