愛媛県の二級水系一覧では、愛媛県を流れる水系のうち、愛媛県が管理する二級水系を記述する。2000年4月現在、181水系、408河川ある。 リストの順序は、河口の位置を基準に、香川県境から西へ並んでいる。島嶼の河川は末尾に記載している。地形順の参考として一級水系(国土交通省管轄)も記載している。括弧内の水系名が一級水系。