太田 朋子（おおた ともこ、1933年9月7日 - ）は、日本の遺伝学者。木村資生による、遺伝子の「分子進化の中立説」(Kimura 1968, 1969) 発表後、木村資生と共同で中立進化説の基礎固めを行い、その業績によりクラフォード賞を受賞。学位は、Ph.D（ノースカロライナ州立大学・1966年）、理学博士（東京大学・1972年）。国立遺伝学研究所名誉教授。文化功労者。文化勲章受章。愛知県西加茂郡三好町（現：みよし市）生まれ。
