垣ノ島遺跡(かきのしまいせき)は、北海道函館市に所在する縄文時代の遺跡。道内での同時代の遺跡として最大規模であり、縄文時代早期前半(約9000年前)の墓制、駒ヶ岳噴火による集落断絶、後期初頭の盛土遺構から後期後半(約3500年前)に至るまでの縄文集落の変遷と生活痕跡が確認できる。2011年(平成23年)2月7日に国の史跡に指定された。2021年(令和3年)、「北海道・北東北の縄文遺跡群」として世界文化遺産に登録された。