代謝拮抗剤(たいしゃきっこうざい、英: antimetabolite)は、代謝の過程で生成する代謝物質の利用を阻害する物質である。このような物質は、葉酸の利用を阻害するのように、しばしば代謝物質と構造が類似している。代謝拮抗剤の存在は、や細胞分裂を妨げ、細胞にとって有毒であるため、癌の化学療法に用いられる。