ヴェルナー・コッホ (ドイツ語: Werner Koch、1961年7月11日 - ) は、ドイツのフリーソフトウェアプログラマである。GNU Privacy Guard (GnuPG、GPG) の作者として知られている。また、Free Software Foundation Europeの事務局長とドイツの副代表を務めた。2015年、GnuPGの開発によりAdvancement of Free Software awardを受賞した。 ジャーナリストやセキュリティの専門家はGnuPGに依存している。エドワード・スノーデンはGnuPGを使用して監視を回避し、内部告発を行った。