ルートディレクトリ (英語: root directory) とは、コンピュータファイルシステムにおいて、ファイル階層における最初または最上位のディレクトリのことである。ルートディレクトリは、全ての枝の開始点である木の幹に例えることができる。ルートファイルシステムは、ルートディレクトリが位置しているのと同じディスクパーティションに含まれるファイルシステムである。ルートファイルシステムは、システムのブート時にマウントされる他の全てのファイルシステムの頂点にあるファイルシステムである。