ハイドロジェノソーム(ヒドロゲノソーム、Hydrogenosome)は二重膜に囲まれた細胞小器官であり、水素とATPを産生する機能を持つ。この小器官はミトコンドリアが進化したものであると考えられており、一部の繊毛虫、パラバサリア類、菌類などに見られる。