ジャパンラグビートップリーグ2012-2013は2012年8月31日から2013年1月6日までレギュラーシーズンが行われた。 リーグ戦1位のサントリーサンゴリアスがプレーオフトーナメントを制し、2シーズン連続3度目の優勝を果たした。また、これはトップリーグ史上初のリーグ戦からプレーオフ決勝まで無敗の全勝優勝である。さらに、第50回日本ラグビーフットボール選手権大会でも、優勝。シーズン全試合で勝利を達成した。
