シャーロット・アマリー（Charlotte Amalie）は、アメリカ合衆国の自治領であるアメリカ領ヴァージン諸島の首都。セント・トーマス島に位置する。人口は18,914人（2000年国勢調査）。同名の海港を持つ港湾都市で、かつてはカリブ海の海賊の本拠地のひとつであったが、現在はクルーズ観光港となっている。2004年には、約150万隻のクルーズ観光船が停泊した。 シャーロット・アマリーは北緯18度20分36秒 西経64度55分49秒 / 北緯18.34333度 西経64.93028度に位置している。 シャーロット・アマリーは数多くの歴史的建造物が残る歴史の町である。1672年にデンマーク西インド会社によって入植が始まり、1691年にシャーロット・アマリーがデンマーク領ヴァージン諸島の首都に定められた。 1967年にヴァージン諸島を津波が襲った際、シャーロット・アマリーは大きな被害を受けた。 第一次世界大戦下の1917年、アメリカ合衆国はパナマ運河防衛のためにヴァージン諸島をデンマークから購入した。1927年には住民にアメリカ合衆国市民権が与えられた。 市名はデンマーク国王クリスチャン5世の王妃シャルロッテ・アマーリエ（1650年-1714年）にちなんで名付けられた。
