イソクエン酸デヒドロゲナーゼ(isocitrate dehydrogenase, IDH)は、イソクエン酸と2-オキソグルタル酸とを相互変換する酸化還元酵素である。イソクエン酸デヒドロゲナーゼにはイソクエン酸デヒドロゲナーゼ (NAD+)(EC 1.1.1.41)と、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ (NADP+)(EC 1.1.1.42)の2種が存在するがクエン酸回路を構成するのは前者の方である。 クエン酸回路を構成するイソクエン酸デヒドロゲナーゼ (NAD+)は二段階でイソクエン酸から2-オキソグルタル酸に変換している。まず、イソクエン酸(二級アルコール)のオキサロコハク酸(ケトン)への酸化をしたのち、続いてこのオキサロコハク酸のβ-カルボキシル基を脱炭酸することによりα-ケトグルタル酸へ変換される。 もう一方のイソクエン酸デヒドロゲナーゼ (NADP+)も同じ反応をするが、こちらの反応はクエン酸回路とは関係がなく、ミトコンドリア、ペルオキシソームと同様に細胞質基質で行われ、補因子もNAD+ではなくNADP+が使われる。

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