Doxygen（ドキシジェンまたはドクシジェン）は、C++、C言語、Java、Objective-C、Python、IDL（CORBAおよびマイクロソフト形式）のためのドキュメンテーションジェネレータである。他にもPHP、C#、D言語、ActionScriptでもある程度利用可能。多くのUnix系システム、Windows、macOSで動作する。Doxygenのコードの大部分は Dimitri van Heesch が書いた。 KDEは文書の一部にDoxygenを利用しており、KDevelopは組み込みでサポートしている。
