2016年J2第41節・最終節では、2016年11月12日に行われたJ2リーグ第41節と、同年11月20日に行われたJ2リーグ第42節(最終節)について記す。なお、本項では特に、J1自動昇格の可能性のあった北海道コンサドーレ札幌・松本山雅FC・清水エスパルス、及びJ3リーグへの自動降格とJ2・J3入れ替え戦への進出の可能性のあったFC岐阜・ギラヴァンツ北九州・ツエーゲン金沢の6チームの絡む試合を中心に記す。