2006年の全日本F3選手権は、2006年(平成18年)4月1日 - 2日に富士スピードウェイで開幕し、同年10月21日 - 22日にツインリンクもてぎで閉幕した全18戦のシーズンである。ドイツ人ドライバーのエイドリアン・スーティルが全18戦中5勝を挙げてタイトルを獲得した。