2006Jユースカップは、Jユースカップの2006年度の大会である。予選リーグは7月17日から11月19日まで、決勝トーナメントは11月25日から12月24日まで開催されサンフレッチェ広島FCユースが3大会ぶり3回目の優勝を果たした。