2004年の全日本F3選手権は、2004年(平成16年)3月27日 - 28日に鈴鹿サーキットで開幕し、同年10月23日 - 24日にツインリンクもてぎで閉幕した全20戦のシーズンである。イタリア人ドライバーのロニー・クインタレッリが全20戦中8勝を挙げてタイトルを獲得した。