長崎市役所(ながさきしやくしょ, Nagasaki City Hall)は日本の地方公共団体である長崎市の執行機関事務を行う施設(役所)。 主に本館と別館の2つの建物からなっており、道路を挟んで建っている両方の建物の間は歩道橋と地下道で連絡されている。 市長室を始めとした主な部署が本館に、長崎市保健所や水道局等が分館に入っているが、建物が古く狭いため一部の部署は市内の別の建物に分散している。