長岡運輸区(ながおかうんゆく)は、新潟県長岡市にある東日本旅客鉄道(JR東日本)新潟支社の運転士・車掌が所属する組織である。主に長岡駅を発着する列車(信越本線長岡〜直江津、上越線長岡〜水上)および、飯山線・只見線を乗務範囲とする。 尚、長岡運輸区は、長岡車両センターが車両を保持している為車両は保持していない。