門跡（もんぜき、もんせき）は、皇族・公家が住職を務める特定の寺院、あるいはその住職のことである。寺格の一つ。元来は、日本の仏教の開祖の正式な後継者のことで「門葉門流」の意であった（この場合は門主とも）。鎌倉時代以降は位階の高い寺院そのもの、つまり寺格を指すようになり、それらの寺院を門跡寺院と呼ぶようになった。また、御由緒寺院、尼門跡寺院（皇女や王女が務める寺院）ともいう。寺格が高く、皇室から特別の礼遇と特権を与えられ、住職は各宗派の管長と同等の待遇を受ける。 浄土宗の知恩院門跡は浄土門主（もんす）という。 浄土真宗本願寺派の本願寺住職は門主（もんしゅ）、真宗大谷派の僧侶および門徒の代表者は門首（もんしゅ）と書き、いずれも親鸞の子孫の大谷家から出ている。
