門司機関区（もじきかんく）は、福岡県北九州市門司区にある日本貨物鉄道（JR貨物）の車両基地（機関区）である。 北九州貨物ターミナル駅及び門司駅に隣接しており、両駅への入出区が行われる。九州島内の貨物列車牽引用機関車及び各ターミナルに配置する入換動車が全て所属しており、それらの機関車および貨車(JR九州所有チキ5500・チキ6000の委託含む)の検査(交番検査・始業検査・臨時検査)修繕を行っている。所属電気機関車の車輪の削正作業については福岡貨物ターミナル内車輪旋盤機にて行い、内燃機関車については小倉車両所へ入場する。また、JR貨物九州支社内最大の運転区所でもある。 鹿児島県鹿児島市に門司機関区鹿児島派出がある。
