長崎県の二級水系一覧では、長崎県を流れる水系のうち、長崎県が管理する二級水系を記述する。2006年3月31日現在、222水系・358河川ある。 リストの順序は、有明海側の佐賀県境から伊万里湾側の佐賀県境まで海沿いを時計回りに、河口の位置を基準にして並んでいる。島嶼部の河川は末尾に挙げ、島内ではそれぞれ時計回りの順になっている。地形順の参考として一級水系も記載している（括弧付きの名称が一級水系）。
