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- 「達人対談 シマウマにはなぜ縞があるのか? シマ模様の達人 近藤滋 大阪大学大学院 生命機能研究科教授vs.ビートたけし」『新潮45』第33巻第6号、2014年6月、276-287頁、。 (ja)
- Inaba, M., Yamanaka, H. and Kondo, S. .“Pigment pattern formation by contact-dependent depolarization”. Science 335:677. (ja)
- 「2次元と3次元を旅する自然界のエッシャーたち」『日経サイエンス』2018年8月号。 (ja)
- 「振動現象による空間的な周期性（繰り返し構造）の形成」『細胞工学』第22巻第12号、2003年、1331-1336頁。 (ja)
- 「創発夏の学校《講義1》生物のパターン形成と振動現象」『計測と制御』第43巻第8号、2004年8月、594-598頁。 (ja)
- 「発生における位置情報形成の原理」『蛋白質核酸酵素』第50巻第6号、2005年、791-797頁。 (ja)
- Aramaki, T., Kondo, S. .“Method for disarranging the pigment pattern of zebrafish by optogenetics”. Developmental Biology. (ja)
- 『生物のかたちと数理 : 近藤滋氏との対話 平成12年度教育改善推進費研究報告 別冊自然学・人間学の教育の体系化 今西錦司生誕百年記念事業』加藤和人、横山俊夫 編、京都大学霊長類研究所、2001年3月、。 (ja)
- 「エンゼルフィッシュの縞模様の研究 - 研究を楽しむということ」『実験医学』第15巻第1号、1997年1月、81-84頁。 (ja)
- 「チューリングの卵 生物の模様の秘密」『生命誌』第3巻第11号、1995年、JT生命誌研究館。 (ja)
- Horikawa, K. Ishimatsu, K. Yoshimoto, E. Kondo S. and Takeda H. .“Noise-resistant and synchronized oscillation of the segmentation clock”. Nature 441: 719-723. (ja)
- 「動物の皮膚に存在する化学反応の波 ― 形態形成の謎を解くチューリングの波 ―」『生物物理』第37巻第2号、1997年4月、78-80頁。 (ja)
- 「キリンの斑論争と現代の分子発生学」『キリンの斑論争と寺田寅彦』松下貢 編 岩波書店〈岩波科学ライブラリー220〉、2014年1月、ISBN 9784000296205。 (ja)
- 「話題提供「生物学における理論の有用性」」『数理解析研究所講究録』第1698巻、2010年7月、152-161頁。二階堂愛と共同文責。 (ja)
- Kondo, S. and Asai, R. .“A reaction-diffusion wave on the skin of the marine angelfish Pomacanthus”. Nature 376: 765-768. (ja)
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