象徴種（しょうちょうしゅ、Flagship species）は、地域の環境保護を促進するための象徴として置かれる生物種のことである。フラグシップ種、フラッグシップ種。 ふつう象徴種に選定されるのは、絶滅の危機に瀕した、生態系の頂点に立つ大型の哺乳類、あるいは大型の鳥類であることが多い。しかし場合によっては、変温動物や無脊椎動物、植物などが象徴種として選ばれることもある。いずれの場合でも、種の多様性や遺伝的多様性といった複雑な概念の代わりに、ある1種をその代表として示すことで、環境保護や生物多様性への関心を引く助けになるとされる。 象徴種を用いる保護活動がターゲットとしている対象は、観光客や地域コミュニティなど様々であり、それぞれの場合に応じた象徴種が選定される。
