萩海運(はぎかいうん)有限会社は山口県萩市大字東浜崎町字菊が浜139番1に本社を置く海運会社である。萩市が主たる株主である第三セクターで、代表取締役は萩市長(現在は藤道健二)が務めている。萩港と萩市の離島である見島・大島・相島と本土をつなぐ航路を運航している。