自動指紋識別システム（じどうしもんしきべつシステム、英語: AFIS（アフィスまたはエイフィス））とは、警察庁が指紋業務の効率化を狙い開発したシステム。ここでは併せて運用されている自動掌紋識別システム（じどうしょうもんしきべつ、英語: APIS（アピスまたはエイピス））についても記述する（関係者の間では両者をあわせて「指掌紋システム」「アフィスアピス」などと呼ばれる）。
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