第41回プライムタイム・エミー賞(だい41かいプライムタイム・エミーしょう、英語: 41st Annual Primetime Emmy Awards)は、テレビ芸術科学アカデミーが主催するエミー賞の一つで、1988年6月1日から1989年5月31日までにアメリカ合衆国でプライムタイムに放送された優れたテレビ番組に送られる賞である。授賞式は1989年9月17日にカリフォルニア州パサデナにあるパサデナ・シビック・オーディトリウムで行われた。司会はジョン・ラロケットが務め、アメリカではFOXが生中継で放送した。主要部門以外のプライムタイム・クリエイティブ・アート・エミー賞は先行して9月16日に発表された。