第39回プライムタイム・エミー賞（だい39かいプライムタイム・エミーしょう、英語: 39th Annual Primetime Emmy Awards）は、テレビ芸術科学アカデミーが主催するエミー賞の一つで、1986年6月1日から1987年5月31日までにアメリカ合衆国でプライムタイムに放送された優れたテレビ番組に送られる賞である。授賞式は1987年9月20日にカリフォルニア州パサデナにあるパサデナ・シビック・オーディトリウムで行われた。司会はブルース・ウィリスが務め、アメリカではFOXが生中継で放送した。主要部門以外のプライムタイム・クリエイティブ・アート・エミー賞は先行して9月12日に発表された。
