神祇院（じんぎいん）は、かつてあった日本の国家機関のひとつ。内務省の外局。 昭和初期の神祇官興復運動、神祇特別官衙設置運動を受けて、1940年（昭和15年）の皇紀2600年記念に際して設置された。敬神思想の普及に努めたが特に目立った成果をあげないまま、敗戦後、連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）からの神道指令を受けて、1946年（昭和21年）1月31日限りで廃止された。
