異種原子（いしゅげんし）あるいはエキゾチック原子（エキゾチックげんし、exotic atom）は、通常の原子を構成する電子・陽子・中性子以外の粒子を含んだ原子である。ここでの原子とは、電荷の力によって粒子が結合した状態を指す。主に原子核物理学の分野で使われる。 例えば、原子の中の電子は、μ粒子や π− のような1価の負電荷を持つ粒子で置き換えることができる。また、条件は厳しくなるが、陽子も、1価の正電荷を持つ粒子で置き換えることができる。 ただし、陽電子・反陽子・反中性子からなる反原子（反物質を構成する原子）は、通常の原子のな系にすぎず、異種原子とはしない。
