甲賀氏(こうかうじ)は、「甲賀」を氏(ウジ)の名とする古代氏族。姓は臣。近江国甲賀郡を本拠地とした。渡来人の甲賀村主を甲賀臣と同一とする説もあるが、甲賀臣の「臣」は有力豪族が称する姓で「村主」とは明らかに異なる地位を示しているため、別の氏と考えられる。