生息地分断化（せいそくちぶんだんか、habitat fragmentation）は、生物の生息地に分断が生じ、生息地が断片化すること。ゆっくりとした物理的な環境の変化（の原因と考えられている）、あるいは土地の改変などといった人間活動によって起こる。特に人為的な要因で起こった生息地分断化は、急激な環境の変化と個体群の分断を引き起こすため、多くの種の絶滅や個体数の減少につながる。
