瀬戸内海区水産研究所(せとないかいくすいさんけんきゅうじょ)は、かつて存在した国立研究開発法人水産研究・教育機構の研究所の一つ。瀬戸内海における水産と、瀬戸内海のような閉鎖性水域に特徴的な環境問題(赤潮など)に主眼を置いている。漁業調査船しらふじ丸(広島港)を擁する。略称は瀬水研、瀬戸内水研。