港湾区域とは、経済的に一体の港湾として管理運営するために必要な最小限度の区域であることなどの条件を満たす場合に、港湾管理者(港務局又は地方公共団体)が、国土交通大臣(又は都道府県知事)と協議し、同意又は届出があった水域である。また、港湾区域に隣接する地域であって港湾管理者が指定する「港湾隣接地域」というものもあり、港湾区域と同様の規制がある。