木材腐朽菌(もくざいふきゅうきん)とは、木材を腐朽(腐食による劣化)させる腐生菌のうち、特に、木材に含まれる難分解性のリグニン、セルロース、ヘミセルロースを分解する能力を持つもの。特にリグニンの分解は事実上この菌類のみに限られている。ダイオキシンもまた分解する事から利用が進められている。